Una vez preparado, el fósil ya puede ser manipulado por el investigador, que se encargará de describirlo y catalogarlo.

De esta manera se podrá determinar si se trata de un fósil que pertenece a un grupo, género o especie ya descrita o si se trata de un fósil desconocido hasta el momento, como en el caso del Pierolapithecus catalaunicus, Pau.

El estudio del fósil puede prolongarse durante semanas, meses o años, según su complejidad y, en su clasificación, a parte de la bibliografía existente, los investigadores del ICP también se ayudan de la comparación con otros esqueletos o moldes existentes en el mismo centro o en otros.

Es lo que se denomina 'material fósil de comparación'. Y, si hace falta, se desplazan para conocer mejor las características de los fósiles de primera mano. Después, lo más habitual es dibujarlo y en la actualidad, lo más común es escanearlo y hacer uso de la paleontología virtual para reconstruir con la ayuda de los ordenadores su volumen y trabajar con su estructura en 3D.